Casi cinco años pasó Fray Luis de León en la cárcel vallisoletana de la Inquisición, sin apenas abrigo ni comida, sobreviviendo, ciego de luz, en la penumbra oscura del pequeño habitáculo donde pasaba los tenues días y las interminables noches, hasta ser absuelto el 7 de diciembre de 1576 por el Consejo de la Suprema Inquisición con sede en Madrid.
Pero no fueron los quebrantos físicos derivados del frío, las heridas y las enfermedades, la causa principal de sus abatimientos, crisis, pesadumbres y desánimos, sino la falta de comunicación, los silencios a sus preguntas, la angustia por el futuro de su vida, la decepción con ciertas personas, la frustración por el rechazo de toda iniciativa, la impotencia de no ser escuchado ni creído, la falta de verdad sobre los hechos que provocaron todo aquello y la incertidumbre ante el desenlace final.
Durante aquellos años, se prohibió al fraile asistir a misa, celebrar la eucaristía, confesar y confesarse, fundamental sostén de su vida religiosa, apenas mantenida por algunas horas de profunda meditación y larga oración, estando casi ciego, enfermo y con una debilidad que le impedía moverse y cambiar de postura en el camastro.
Era tal su deterioro físico y moral que pidió al tribunal la asistencia de un hermano agustino para que le cuidara y ayudara a bien morir, siéndole negado este favor en víspera de que la Suprema dictara la sentencia absolutoria:
En la Villa de Madrid a siete días del mes de diciembre de mil quinientos y setenta y seis años, habiendo visto los Señores del Consejo de S.M. de la Santa General Inquisición, el proceso del pleito criminal contra fray Luis de León, de la Orden de San Agustín, preso en las cárceles secretas del Santo Oficio de la Inquisición de Valladolid, mandan que el dicho fray Luis de León sea absuelto de la instancia de este juicio; pero que en la sala de la audiencia sea reprendido y advertido que de aquí en adelante mire cómo y adónde trata cosas y materias de la cualidad y peligro de las que de este proceso resultan, y tenga en ellas mucha moderación y prudencia, como conviene, para que cese todo escándalo y ocasión de errores; y que se recoja el cuaderno de los Cantares traducido en romance por el dicho fray Luis de León.
Cuando la sentencia llegó a Valladolid, los inquisidores que le habían condenado no tuvieron otra opción que acatar la absolución del Consejo de la Suprema, lo cual hicieron siguiendo el protocolo acostumbrado. Para ello se reunió la sala al completo y redactaron la sentencia definitiva en los siguientes términos:
Fallamos, atendiendo los autos y méritos de dicho proceso, que debemos absolver y absolvemos al dicho Maestro fray Luis de León de la instancia de este juicio con tal que en la sala de este Santo Oficio sea reprendido y advertido que de aquí en adelante mire cómo y adónde trata cosas y materias de la cualidad y peligro de las que de este proceso resultan, y tenga en ellas mucha moderación y prudencia, como conviene para que cese todo escándalo y ocasión de errores; y que se recoja el cuaderno de los Cantares traducido en romance por el dicho fray Luis de León. Y por esta nuestra sentencia definitiva juzgado, así lo pronunciamos y mandamos en estos escritos y por ellos
Fray Luis de León habló para todos diciendo: “¡Ay, amigos, cómo es luz la verdad y como habla por ella misma y por ella misma se defiende, y sube a lo alto y resplandece, y se pone en lugar seguro, libre de contradicción! ¿No veis con qué simples y breves palabras la verdad pura se concluye?”.
